Die wissenschaftliche Begleitung der HumusAllianz erfolgt durch das Julius Kühn-Institut (Kleinmachnow) sowie das Johann Heinrich von Thünen-Institut (Braunschweig).

Das Julius Kühn-Institut ist verantwortlich für die pflanzenbauliche Bewertung der humusfördernden Maßnahmen. Mittels prozessbasierter Boden-Pflanze-Atmosphäre-Modellen können Humusgehalte unter verschiedenen Szenarien vorhergesagt und bewertet werden. Zudem erfolgt eine Bewertung der Treibhausgasemissionen (CO₂-Fußabdruck) und eine Lebenszyklusanalyse. Weiterhin soll mit der Entwicklung einer „pflanzenbaulichen Toolbox“ eine fundierte Entscheidungshilfe bei der Wahl von humusfördernden Maßnahmen im Betrieb geschaffen werden. 

Am Thünen-Institut stehen die ökonomischen Fragestellungen im Vordergrund. Detaillierte Kostenanalysen und Befragungen von Fachleuten aus Praxis und Beratung bilden die Grundlage zur Entwicklung von typischen Produktionssystemen. Damit können wir fundierte Aussagen über die Wirtschaftlichkeit der verschiedenen humusfördernden Maßnahmen in den jeweiligen Kultursparten treffen. 

Aus den Erkenntnissen dieser Analysen werden von Julius Kühn-Institut und Thünen-Institut gemeinsam Handlungsempfehlungen für Politik und die Akteure der Wertschöpfungskette abgeleitet.